Las quemaduras por depilación láser es quizás el efecto secundario más común en la realización de este procedimiento, esto ocurre cuando la piel absorbe la energía del láser y no el folículo piloso como debería hacerlo. Este tipo de quemaduras son más frecuentes en pacientes con pieles más oscuras, debido a que las pieles con mayor pigmentación absorben la luz del láser con mayor facilidad. Este riesgo se disminuye si previo a la realización del procedimiento se analiza si el paciente es un candidato apto para el mismo, ya que muchas pieles son demasiado sensibles para ser sometidas a este tipo de depilación. Estas quemaduras si bien suelen ser leves, en algunos pocos casos han sido graves y han obedecido a procedimientos realizados por personas no cualificadas o sin experiencia en la práctica de los mismos.
Los cambios en el tono de la piel pueden ser de dos tipos: hiper e hipopigmentación. La hiperpigmentación consiste en el oscurecimiento de la piel en el área que fue tratada durante la depilación láser, esto obedece a una estimulación excesiva en la producción de melanina. La hipopigmentación por otra parte consiste en la aclaración de la piel en la zona que fue sometida a la depilación láser, esto debido a que la absorción de la luz láser inhibe la producción de melanina. La hiperpigmentación generalmente puede ser revertida en tanto la hipopigmentación no puede serlo.
Otro efecto secundario de la depilación laser que no es tan común pero es posible es la reacción adversa al anestésico que algunos pacientes emplean para aliviar las molestias causadas por la depilación, en estos casos se produce un incremento en la metahemoglobinemia cuando los componentes de dicho anestésico llegan al torrente sanguíneo produciendo síntomas como coloración azul de la piel, mareo, somnolencia, etc.