La Iglesia de la Santa Cruz de Cuenca es una de las más antiguas de la villa, empezó una modesta construcción, de una sola nave en mampostería y cubierta de artesonado de madera, pero hoy día es un interesante y activo foco de la artesanía. Juanes de Mendizábal el Viejo a mitad del siglo XVI inicia la reforma del templo originario, estando al frente de las obras, aunque fue durante el episcopado de Fresneda cuando se le da a la obra un gran impulso. El obispo, en el año de 1568, encarga la remodelación de la construcción a Francisco de Goycoa, muy prestigioso en Cuenca, siendo también el Veedor General de las obras del Obispado. Su costumbre como veedor era inspeccionar y no se encargará personalmente de las obras sino que delega a la muerte de Goycoa, en Juanes de Mendizábal el Mozo, a quien tenía en gran estima y que era sobrino de Juanes de Mendizábal el Viejo. Este elevaría los muros perimetrales y voltearía unos arcos entre los contrafuertes, adosándoles columna